Tulad ng Tomato Brown Rugose Fruit Virus na nahahawa ang mga halaman ng kamatis at paminta sa buong mundo, ang mga kumpanya ng binhi ay nagtatrabaho sa pag-aanak ng isang lumalaban na kamatis.
Ang mga mapagkukunang mayaman na genetiko at genomiko ay magagamit sa mga breeders ng kamatis bago pa man magsimula ang mga proyekto sa pag-uuri ng genomic ng kamatis. Ang mga malalaking koleksyon ng germplasm ng kamatis ay matagal nang naitatag sa maraming mga lokasyon. Mahigit sa 75,000 mga pag-access sa kamatis ang natipid sa mga genebank sa buong mundo. Ang isa sa pinakamalaki ay ang USDA genebank sa Geneva, NY.
Ang pagkakasunud-sunod ng genome ng kamatis ay pinasimulan noong 2005 bilang isang multinasyunal na pagsisikap sa pagitan ng 14 na mga bansa at nakumpleto noong 2012. Ang mga pagsisikap na ito ay lubos na napabilis sa paglalapat ng artipisyal na katalinuhan, pag-aaral ng makina at mga advanced na algorithm upang pag-aralan ang malalaking dami ng data ng genetiko at phenotypic.
Tomato Pan-Genome
Ang mga mananaliksik mula sa Boyce Thompson Institute noong 2020 ay lumikha ng isang de-kalidad na sanggunian na genome para sa mga ligaw na kamatis upang makabuo ng isang mas kumpleto at kapaki-pakinabang na tomato pan-genome. Natuklasan nila ang mga seksyon ng genome na pinagbabatayan ng lasa ng prutas, laki at pagkahinog, tolerance ng stress at paglaban ng sakit. Salamat sa bahagi ng mga teknolohiyang pang-pagkakasunud-sunod na maaaring basahin ang napakahabang mga piraso ng DNA, ang sanggunian na genome ay mas kumpleto at tumpak kaysa sa umiiral na database.
Ang mga matatandang teknolohiya ng pagsunud-sunod na nagbabasa ng mas maiikling piraso ng DNA ay tumutukoy sa mga mutasyon sa antas na solong-batayan. Gayunpaman, hindi sila mahusay sa paghahanap ng mga pagkakaiba-iba ng istruktura tulad ng mga pagpasok, pagtanggal, pagbabaligtad o pagkopya ng malalaking mga tipak ng DNA.
Noong 2019, isang internasyonal na pangkat ng mga mananaliksik ang nagtayo ng isang tomato pan-genome na gumagamit ng mga pagkakasunud-sunod ng genome mula sa 725 na mga uri ng sagisag na filogolohikal at heograpiya. Ang database na ito ay may kasamang 4,873 mga gen na hindi matatagpuan sa orihinal na genome na sanggunian. Ang mga pinag-aaralan sa kasalukuyan / wala na pagkakaiba-iba ay nagsiwalat ng malaking pagkawala ng gene at matinding negatibong pagpili ng mga gen at promoter sa panahon ng pagpapaamo at pagpapabuti ng kamatis.
Basahin ang kumpletong artikulo sa www.seedworld.com.